自然人股权转让在计算个人所得税的时候，允许减去已经缴纳的印花税。根据《个人所得税法》规定，财产转让个人所得税的计算方式是以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。股权转让所得属于财产转让所得，合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费，其中就包括印花税。

在计算个人所得税时，扣除的是转让方自己缴纳的印花税，而不是双方的印花税。因为印花税是对书立、领受应税凭证的行为征收的一种税，股权转让中，转让方和受让方各自就其书立的股权转让协议缴纳印花税，而个人所得税是转让方的纳税义务，所以只允许扣除转让方自己缴纳的印花税。

参考：

根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）第八条规定，计算股权转让所得时，股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额。

合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费，明确包括印花税。

因此，转让方为完成本次股权转让而实际缴纳的印花税，属于合理费用，可以在计算个人所得税应纳税所得额时扣除。